尼迈里能集聚的武装力量总共只有434人，其中伞兵250人，装甲兵170人和14名军官，这点力量与近3万人的政府军较量，实在是微不足道。在这有限兵力的情况下，尼迈里决定采取集中兵力占领军政重要机构、逮捕军政要员的突击战略，以达到控制首都的计划，从而宣布建立军人政权。
短促交火
1969年5月25日凌晨，政变部队集中后向喀土穆市区移动。根据政变指挥部的安排，首先集中全力进攻陆军司令部，经过短促的交火，占领了司令部，随即占领了电台和通讯机构，控制了宣传工具，切断了首都与外省的一切通讯和交通联系，以防止忠于政府的军队反攻。在政变行动获得部分成功后，一部分首都治安部队和警察加入了政变的行列，政变力量骤然增加，增强了尼迈里等政变领导者的信心。随后，各小分队按名单逮捕军政要员，把他们集中拘禁在陆军司令部和喀土穆宾馆，其中包括武装部队总参谋长德伊法拉少将、政府总理穆罕默德·艾哈迈德·马哈古卜，还逮捕了极右和好斗的苏丹穆斯林兄弟会的领袖和主要成员。在控制了首都后，即宣布在全市实施戒严，以防止反政变力量的聚集。
上午9时，尼迈里上校代表政变力量在国家电台宣布，武装部队革命指挥委员会已接管了政权，解散国家最高委员会、内阁和制宪议会，停止1964年临时宪法，并任命前最高法院首席法官巴巴克尔·阿瓦达拉为总理组织新内阁。至此，尼迈里上校领导的军事政变获得了成功，军人又重新执政。这次政变，虽出现了小规模的交火事件，但基本上是和平接管政权，政变者对前政府领导人、高级军政人员和有势力的政界人物没有采取杀戮和虐待行为，减少了反对政变的活动。